İskenderun Teknik Üniversitesi, Taşımacılık ve Lojistik Enstitüsü bünyesinde yer alan Denizcilik İşletmeleri Yönetimi Tezli Yüksek Lisans Programı, denizcilik işletmeleri alanında halen çalışmakta olan veya ilerde çalışmak isteyen personelin eğitimi, gelişimi ve uzmanlaşmasını hedeflemektedir. Program, dünyada önde gelen üniversitelerin ilgili alandaki yüksek lisans müfredatları dikkate alınarak hazırlanmıştır. Dersler Barbaros Hayrettin Gemi İnşaatı ve Denizcilik Fakültesi öğretim kadrosu tarafından yürütülmektedir. Ayrıca denizcilik işletmeleri alanında sektörde uzmanlaşmış kişilerin de programa katkısı sağlanmaktadır. Mezunlar denizcilik sektöründe faaliyet gösteren armatör işletmeler, gemi acenteleri, dış ticaret şirketleri, deniz sigortaları şirketleri, limanlar, lojistik işletmeleri, yat ve marina işletmeleri gibi kurumlarda orta ve üst düzey yönetici pozisyonlarda çalışabilmektedir. Kamu sektöründe ise Türkiye Cumhuriyeti Ulaştırma ve Altyapı Bakanlığında, ilgili diğer bakanlık ve devlet kurumlarında idari görev alabilmektedirler.